Você deve aplicar a mesma política de segurança que para um servidor físico. Configure o tomcat e o mysql para ouvir apenas 127.0.0.1 ou use um firewall para permitir que apenas determinados IPs acessem esses serviços diretamente. Mantenha o servidor e todos os serviços atualizados. Desative a autenticação baseada em senha do ssh e use somente autenticação baseada em chave. Desative a autenticação remota para o usuário root. Salve os logs em uma máquina diferente. Se possível, use um IDS na frente do seu servidor da Web.