Nesse caso, você deve usar uma avaliação aritmética - (( expression ))
:
if (( $Seconds_Behind_Master >= 60 )); then
echo "replication delayed > 60."
elif [ "$Seconds_Behind_Master" = "NULL" ]; then
echo "Delay is Null."
fi
Se você quer respeitar o padrão POSIX, então você pode usar:
if echo $Seconds_Behind_Master | egrep -q '^[0-9]+$' && [ "$Seconds_Behind_Master" -ge "60" ] ; then
echo "replication delayed >= 60."
elif [ "$Seconds_Behind_Master" = "NULL" ]; then
echo "Delay is Null."
fi
Mais sobre: Shell - Teste uma variável numérica .