Eu sugiro que você use o vsftpd por dois motivos:
- é o servidor FTP recomendado no Ubuntu (& Red Hat)
- tem um histórico de segurança melhor que os outros dois
Para autenticação, o vsftpd usa o PAM. Trecho do FAQ:
Q) Help! Will vsftpd authenticate against an LDAP server? What about a
MySQL server?
A) Yes. vsftpd uses PAM for authentication, so you need to configure PAM
to use pam_ldap or pam_mysql modules. This may involve installing the PAM
modules and then editing the PAM config file (perhaps /etc/pam.d/vsftpd).
Como configurar a autenticação pam_mysql é provavelmente o melhor perguntado & explicado em uma questão separada embora.
Sobre permissões: o vsftpd pode chroot usuários em sua "home" (que é configurável com o PAM também). Você deve ser capaz de usar hardlinks (ou talvez também links simbólicos?) Para vincular todos os diretórios aos quais eles devem ter acesso dentro de seu diretório home.