Em geral, eles devem deixar um ao outro em paz. Se você fizer a instalação corretamente (Windows primeiro, depois Linux, via de regra, porque o Linux é mais 'atencioso'). Tanto quanto sei, não há risco adicional envolvido em compartilhar uma unidade.
Dito isto, aqui estão algumas dicas para se ter cuidado.
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O Windows não poderá ver o conteúdo da sua unidade ou partição do Linux, a menos que você instale um software adicional. ext4fsd funciona para mim.
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Partições de armazenamento compartilhado. Se houver uma partição que os dois sistemas operacionais possam ver nativamente , significa que FAT32 ou , então pode haver problemas com perda de dados. Se o Windows entrar em hibernação e outro sistema operacional fizer alterações na partição compartilhada, o Windows tenderá a desfazer as alterações quando for retomado. Eu recomendo armazenamento externo ou desabilitar a hibernação no Windows ou ambos.
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UEFI . Isso é novo no Windows 8. Existem dois tipos de interface de firmware, BIOS (mais antigos) e UEFI (mais recente). Ambos os sistemas operacionais precisam ser instalados usando o mesmo. Você pode encontrar uma explicação muito mais detalhada aqui .