Em geral, você precisará do comando stsadm migrateuser.
Acho que para os mysites, você também precisará atualizar o proprietário do site usando o comando stsadm siteowner .
Os mysites podem ficar estranhos dependendo de como você os configura. Se os sites são apenas / personal / username, (e o nome de usuário é o mesmo do AD para o LDAP), então você deve estar OK. Se eles são / personal / domain_username (ou o nome de usuário muda de AD para LDAP), então você também pode precisar alterar a URL de cada usuário mysite. Isso ficaria confuso porque não há um comando interno para isso - a única opção seria fazer o backup de cada site e restaurá-lo para um novo conjunto de sites com o novo nome de usuário.
PS - Eu nunca fiz isso, só estou teorizando com base nos comandos disponíveis no SharePoint ...