Que tal:
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RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain\.eu
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/domain/
RewriteRule ^(.*)$ /domain/$1 [L]
Você está verificando se a conexão se origina na pasta / domain /, então você precisa especificá-la com uma barra. Caso contrário, você obterá um loop, o que pode causar o erro 500.