Opção 1
Especifique um DirectoryIndex que (a) é válido e (b) é processado via mod_perl.
DirectoryIndex index.pl
# This part probably isn't necessary, but might help.
<Files *.pl>
SetHandler modperl
PerlResponseHandler MyHandler
</Files>
Opção Dois
Use uma regra de reescrita
RewriteEngine on
RewriteRule ^$ /somefile