Nenhum dano feito. O pacote virtualbox-guest-additions dos repositórios só instalará o arquivo .iso do CD-ROM em /usr/share/virtualbox/VBoxGuestAdditions.iso
.
O que pode ter acontecido, no entanto, é que, como dependência, você também instalou a edição OSE do Virtual Box dos repositórios. Isso substituirá a instalação do Virtual Box do repositório Oracle ou de um pacote DEBIAN baixado. Você terá que remover a versão do OSE novamente
sudo apt-get purge virtualbox
antes de poder reinstalar uma versão mais recente do Virtual Box. Suas máquinas virtuais não serão tocadas por isso.