Você não nos deu muito para continuar, mas parece improvável que uma ligação de serviço da Web à porta 80 impeça que o compartilhamento de arquivos funcione. Esta é uma situação bastante típica e deve funcionar bem o suficiente. Meu palpite é que o DNS está de alguma forma bagunçado, há um problema de permissões ou o servidor está de alguma forma mal configurado. Mais informações são necessárias; que etapas de solução de problemas você tentou?
- Alguma pista no log de eventos?
- Qual mensagem de erro você recebe ao tentar acessar os compartilhamentos?
- Se você parar o serviço VisualSVN, isso restaurará os compartilhamentos para a ordem de funcionamento?