Eu tive um problema semelhante em execução
%systemroot%\system32\inetsrv\APPCMD.EXE migrate config "Default Web Site/MyWebApp"
Eu estava recebendo o acesso 80070005 negado.
Descobri que o problema era devido ao fato de meu web.config estar sendo lido apenas (já que usei um sistema de gerenciamento de código-fonte que faz o download como somente leitura dos arquivos não verificados pelos desenvolvedores).
Removendo o atributo somente leitura do web.config, corrigimos o problema.
Suponho que você tenha que remover o atributo somente leitura de algum arquivo de configuração que deve ser tocado pelos comandos acima.