O SSRS exporta um serviço da Web que permite que os relatórios sejam baixados e carregados de forma programática (entre outras coisas). Ele vem com o utilitário chamado rs.exe que permite criar scripts desse tipo de processo usando o vb.net. Tudo isso realmente faz é top e cauda do script e, em seguida, compilar e executá-lo. O IronPython ou qualquer linguagem .net também pode ser usado para fazer esse tipo de script. O IIRC RS2000 usa um mecanismo diferente, mas não é complexo extrair programaticamente um rdl.
Embora fazer isso programaticamente seja bastante simples, existe uma ferramenta chamada Reporting Services Scripter que faz esse tipo de coisa com uma interface gráfica e pode ser tudo que você precisa.
Observe, no entanto, que os relatórios do RS2000 não serão necessariamente convertidos corretamente para o RS2005. Talvez você ainda precise fazer alguma conversão manual. Isso significa que (goste ou não) você provavelmente está pronto para testes de regressão de todos os 1000 relatórios, o que será muito demorado. Agora seria um bom momento para ser um pouco impiedoso sobre a exigência de um caso de negócio para manter cada relatório.