Se o lighttpd ou o php-cgi não estiverem aumentando de tamanho, não se preocupe - o aumento que você está vendo não está no consumo de RAM desses processos, mas sim no uso de cache de disco pelo kernel. Basicamente, desde que você acabou de escrever esses arquivos grandes, o kernel os mantém na memória, supondo que você queira lê-los novamente. Naturalmente, esse cache será descartado se essa memória for necessária por outros processos.