O tipo de problema com o qual eu ficaria preocupado nessa situação - supondo que um teste superficial mostrou que eu era capaz de realizar algumas consultas básicas - é a diferença no tratamento de casos obscuros no protocolo do aplicativo. Ou seja, o tipo de coisa em que você corre bem por um mês e, em seguida, alguma idiossincrasia do comportamento da rede faz cócegas no problema e as coisas ficam estranhas. Só porque você não faz nada extravagante com o MySQL não significa que você está seguro. Pode ser que nada dê errado, mas eu certamente não me sentiria seguro correndo com essa incompatibilidade.
Se você tentar, você deve tentar fazer arranjos para que algo ou alguém o lembre de que este é o caso se você começar a ter falhas estranhas na aplicação.