Em qual keystore você instalou o certificado? Se você clicou com o botão direito do mouse no arquivo PFX e selecionou "instalar", a resposta é o armazenamento pessoal da sua conta de usuário.
Os certificados para o IIS devem ser instalados no armazenamento de chaves do computador local. A melhor maneira de fazer isso é usando o snap-in Certificados do MMC.
MMC > Add/Remove Snap-In > Certificates > Computer account
Eu nunca recebi o erro que você postou, mas há uma boa chance do IIS 7 ser inteligente o suficiente para exportar o certificado da sua conta de usuário para a conta do computador onde ele pertence.
O EventViewer fornece informações adicionais sobre qual logon ele está tentando acessar?