Você tem que verificar se o usuário específico (na máquina Linux) tem o direito de desligar a máquina Linux.
Se não houver direitos para fazer isso, você poderá configurá-lo de várias maneiras.
Algumas das possibilidades de dar a ele o direito de realizar um desligamento são com o sudo. O Sudo concede a alguns usuários direitos específicos para fazer algo, o que talvez só possa fazer a raiz.
Você deve dar uma olhada neste link direitos de desligamento
Outra maneira de configurar isso é editar o arquivo /etc/shutdown.allow
E adicionar uma linha com o nome de login do usuário Unix.
Em seguida, você pode usar o comando shutdown -a <another arguments>
após uma reinicialização.
Outra coisa que você pode tentar é adicionar o usuário ao grupo raiz, mas eles têm muitos outros direitos (como a raiz). Eu acho que esse é o jeito "sujo".
Espero que o ajudem com o seu problema.