Na página principal do Jenkins, à esquerda, clique em "Gerenciar Jenkins". Acesse o menu "Configuração da Ferramenta Global" e, sob esse menu, há um local na metade do caminho que deve indicar "Instalações do JDK". Clique nesse botão e ele abrirá um novo menu no qual você poderá adicionar um JDK alternativo. Uma vez adicionado, você entra no projeto que deseja construir e clica em "Configurar". Mais uma vez, a metade do caminho será um "JDK". O novo JDK aparecerá agora e você poderá selecioná-lo para construir seu projeto.
No entanto, se você quiser que todo o serviço seja executado a partir de uma VM diferente, isso é um pouco mais complicado. O script de início do Jenkins é escrito para tentar "adivinhar" sua VM, para que ela tenha uma instalação mais fácil em vários tipos de Linux. Encontre o script de início (a instalação do Red Hat RPM coloca-o em /etc/rc.d/init.d/jenkins) e leia-o. Você encontrará uma seção chamada "candidates" e observará como o loop percorre as possíveis JVMs que podem estar em um sistema. Você pode editar essa lista para ser apenas a VM que deseja usar e, em seguida, parar / iniciar para forçá-la a usar a VM desejada. Certifique-se de copiar o script antes de editá-lo, apenas no caso.