Eu acho que o yum está detectando a versão não modificada do RPM que não tem o ' > ' transformado em ' > = '. Se você fizer um yum list com o sinal --show duplicates , poderá ver se há mais de um disponível.
Se é isso que está acontecendo, usar prioridades de recompra é provavelmente o que você quer fazer para consertá-lo. Você também pode tentar --enablerepo , --disablerepo ou definir filtros por repo nas configurações do repositório usando exclude e includepkgs .
Prioridades é um plugin em distros antigas, então você pode ter que instalá-lo.