Começou a pesquisar o assunto como parecia interessante. Eu comecei a navegar usando o FDQN do domínio em diferentes ambientes (eu trabalho para um MSP, então tenho acesso a alguns poucos domínios).
A versão curta é que eu estava experimentando algo que eu nunca tinha visto / notado antes. A navegação pelo Windows Explorer usando o FDQN do domínio exibiria a pasta raiz do compartilhamento de arquivos, mas nada mais. A navegação usando o nome IP / computer exibiria o (s) mesmo (s) compartilhamento (s) e exibiria as pastas / arquivos dentro dos compartilhamentos como deveria.
Um pouco mais de googling descobriu isso
O que deveria acontecer quando navego para o meu nome de domínio do Windows via UNC? .
Responde parcialmente à sua pergunta e a um motivo, mas não é uma correspondência exata do seu problema.
Pessoal, acho que implementar os compartilhamentos de arquivos via DFS permitiria que você usasse um namespace (conceito semelhante ao FDQN) e, quando se trata de remover a implementação de novos servidores de arquivos, não seria necessário refatorar código para apontar para um novo servidor de arquivos com nome de servidor.
Ele também deve ignorar o problema que você está enfrentando.
Espero que isso ajude.
Visão geral do DFS
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