A AWS criou resiliência para interrupções com suas ENIs. No entanto, pode haver casos em que você deseja ter várias ENIs em um servidor.
Por exemplo, um servidor MTA com vários endereços IP de saída pode querer executar várias ENIs em um servidor para que ele possa manipular mais emails sem ser atingido em sinalizadores de spammer.
Como o @Nath apontou, você também pode querer que várias ENIs operem seu servidor como um firewall e tenha uma ponte entre duas interfaces para executar algumas inspeções de pacotes.
Nunca há necessidade de ter várias ENIs em uma instância em termos de usabilidade da AWS, no entanto, pode haver ocasiões em que você 'precise' várias ENIs para realizar uma tarefa de seus lances.
Espero que ajude!