O arquivo não está perdido. Ele foi movido para a lixeira por padrão. Você pode restaurá-lo procurando na pasta Lixeira, selecionando-a e escolhendo restaurar o arquivo.
Você pode fazer o nautilus pedir uma confirmação antes de excluir um arquivo? Agora, se eu acidentalmente apagar a chave, perco o arquivo.
O arquivo não está perdido. Ele foi movido para a lixeira por padrão. Você pode restaurá-lo procurando na pasta Lixeira, selecionando-a e escolhendo restaurar o arquivo.