De um modo geral você tem que colocar o php no modo Suexec. Você pode verificar:
também, se você não estiver executando o WHM / CPanel, será necessário decidir como criar os usuários com as respectivas pastas base: /var/www/vhosts/domainname.com
e a pasta domainmame.com deve ter a propriedade do usuário. Eu sei que estou falando em geral, mas essa é a idéia principal.