O que você quer é muito parecido com o Rsync para Windows e você pode querer investigar exatamente isso.
Tanto quanto eu posso dizer que existem algumas implementações por aí, como o cwRsync, elas só oferecem uma versão gratuita para o cliente como parece, então se você quiser uma solução geral livre você pode querer olhar para um diferente versão do servidor (embora eu não tenho certeza se há muito como Rsync parece ser algo que está faltando no mundo do Windows)
Veja também: Por que o rsync não foi detectado no mundo do Windows?
O que pode fornecer mais sugestões.