A diretiva fastcgi_param
é documentada aqui . E, embora seja claro em relação à herança, não é claro sobre a configuração do mesmo parâmetro mais de uma vez (no mesmo nível).
Por experiência, parece que nginx
silenciosamente sobrescreve um valor anterior no mesmo nível.
Portanto, a resposta à sua pergunta é colocar a diretiva include
antes de todas as diretivas fastcgi_param
que tenham prioridade.