O problema não é que o Cryptkeeper não funciona em 13.04, é que 13.04 eliminou a capacidade de listar programas para permitir que eles coloquem indicadores de aplicativos na bandeja do sistema. O Cryptkeeper confia no uso de um indicador na bandeja do sistema para informá-lo que está sendo executado e permite abrir e fechar arquivos encfs.
Você pode restaurar sua funcionalidade do Cryptkeeper seguindo as instruções fornecidas aqui:
Acabei de atualizar meu laptop e desktop para 13.04 e depois de fazer o acima, o Cryptkeeper funciona muito bem em ambas as unidades.