Mais adiante agora com a implantação do Office 2013. Estou quase certo de que isso foi realmente um bug na OCT que veio com o Office 2013 SP1. Em seguida, baixei novamente a OCT e notei que OCT.dll era uma versão superior. Desde então, não houve nenhum problema com o Lync sendo instalado quando não deveria, ou não instalado quando deveria.
Também tive a necessidade de reverter para a OCT mais antiga por outro motivo e notei que o Lync não instalou quando deveria, confirmando ainda mais algum tipo de bug com a versão anterior da OCT relacionada ao estado de instalação do Lync.