Eu tenho isso trabalhando com milhares de nomes de host (subdomínios). Você provavelmente deseja um registro DNS curinga (* .mydomain.com). Você pode usar um registro CNAME que aliasse isso ao registro A do domínio principal (mesmo que o domínio principal corresponda ao curinga, como www.mydomain.com). O registro curinga será usado para QUALQUER subdomínio não encontrado explicitamente em outros registros CNAME ou A, mesmo aqueles com vários subdomínios, como www.sub1.sub2.mydomain.com. Você pode ter entradas explícitas para cada subdomínio, mas não há motivo para se elas estão sendo manipuladas pelo mesmo servidor da Web.
No IIS, você deve vincular o site a tudo ou a um endereço IP (o endereço público ou o endereço DMZ para o qual o firewall encaminha o endereço IP público). Teoricamente, você poderia ligar cada subdomínio / nome de domínio, mas isso seria um monte de ligações, e dado o número que você já tem, você provavelmente está adicionando mais regularmente, então eu não recomendaria isso.