Não posso apontar a diferença exata, mas as AMIs têm proprietários diferentes (ou mantenedor). Então é possível que não haja todos os pacotes atualizados em qualquer imagem ...
Assumo que as AMIs na página do Ubuntu são mantidas diretamente pela Canonical e as outras possivelmente pela Amazon.
Na maioria das vezes, você pode escolher o que quiser. Eu prefiro usar o console da web EC2 e usar as AMIs que estão no mercado.
Espero que ajude.