Estou tendo um problema com a configuração padrão do Gnome 3.6.0 em 12.10. Eu costumava criar temas no Gnome 2 e no Gnome 3.0, mas não sei explicar por que meu tema é preto em segundo plano. Esse problema é limitado a Adwaita e não há problemas com Ambiance ou Radience. Eu acho que não é um grande problema porque eu vou atualizar em breve, mas até lá o Gnome vai parecer bem feio; quase inutilizável.
Por suas capturas de tela, posso ver que você também está usando a sobreposição da barra de rolagem do Unity. Isso infelizmente tem um bug conhecido com este tema e pacote.
Use sudo apt-get remove overlay-scrollbar* para remover as barras de rolagem de overlay do sistema e isso deve resolver esse problema.