Isso não é PackageKit , mas é uma API compatível em aptdaemon , de modo que as coisas escritas com a API PackageKit solicitem a instalação de pacotes e o façam no Ubuntu, sem precisar suportar uma API diferente .
Se você olhar para /var/log/apt/history.log e encontrar o tempo de correlação para quando essa chamada aconteceu, será possível ver pelo menos a transação. Se não houver atividade de correlação, é provável que algo solicite uma verificação de atualizações disponíveis para o sistema.
Você pode usar a ferramenta dbus-monitor em um terminal, filtrando o serviço org.freedesktop.PackageKit , para ver o que está fazendo a chamada.