Você pode criar um túnel SSH manualmente com:
ssh -L 33060:localhost:3306 user@remotehost
Enquanto esta sessão ssh estiver aberta, as conexões para a sua porta 33060 serão encaminhadas para a porta 3306 (o servidor padrão do mysql) no servidor remoto.
Então qualquer cliente mysql pode se conectar ao servidor mysql rodando em 'remotehost', por exemplo:
mysql -P 33060 -h 127.0.0.1 -u mysqluser -p
Eu usei esse método para conectar o emma a um servidor mysql que está sendo executado em particular (não acessível externamente) em outra máquina antes. Infelizmente, com esse método, você precisa estabelecer o túnel manualmente antes que a conexão do servidor armazenado do emma funcione.