É um pouco estranho. Na minha VM 12.04, ambos /usr/share/zoneinfo/SystemV/PST8PDT e /usr/share/zoneinfo/US/Pacific são um link simbólico para /usr/share/zoneinfo/America/Los_Angeles . Qualquer caminho que você usou deveria ter resultado em um /etc/localtime , que era um link para ../America/Los_Angeles .
Já pensou em fazer um links => follow ? Dessa forma, o fantoche resolveria o link simbólico e copiaria o conteúdo em vez de copiar o link simbólico.