No momento, não parece que o VPC suporte registros ARN. Então:
Não pense nisso em termos de conceder acesso a um VPC específico. Em vez disso, use tags de instância e conceda acesso por meio de grupos IAM a instâncias marcadas com uma determinada string.
Além disso, você realmente deve usar o Cloudformation para criar e gerenciar seus VPCs. Fazer isso faz toda a diferença no mundo quando se trata de repetibilidade e manutenção.