chmod e outros comandos que alteram os atributos do arquivo, mas não seu conteúdo, atualizará o ctime.
Dito isto, modificar o conteúdo do arquivo irá mudar seu tempo. Então, a menos que alguém tenha voltado e redefinir o mtime para seu valor anterior, uma soma de verificação não lhe dirá nada que a comparação de tempos de trabalho não seja.
Observe que o ctime é atualizado em todas as alterações. Você não pode sobrescrever isso e não pode modificar manualmente o ctime. Isso significa que a opção -t não tem efeito no ctime.
Eu estou supondo que os autores do rsync descobriram que, por esse motivo, comparar ctimes não seria muito útil.
IMHO, eles estão errados sobre isso. Primeiro, você pode querer que o rsync atualize um arquivo se seus atributos forem alterados. Segundo, os sistemas de arquivos do Windows não possuem um mtime, portanto, a capacidade de comparar ctimes seria muito útil ao trabalhar com sistemas de arquivos montados do Windows. Tal como está, você tem que usar a opção de soma de verificação ao sincronizar a partir de um sistema de arquivos do Windows.