Eu tive um problema semelhante que o fcgid ficou sem os slots de processo disponíveis após algum período de atividade.
A mensagem de log foi aproximadamente:
[fcgid:warn] mod_fcgid: can't apply process slot for /var/www/cgi-bin/xxx/php-cgi, referer: ...
Eu acompanhei o problema até aqui:
[fcgid:emerg] (35)Resource deadlock avoided: [client ....] mod_fcgid: can't get pipe mutex, referer: ...
que é causada pelo bloqueio incorreto. No meu caso, o Apache usou o bloqueio fcntl () por padrão no debian, então eu mudei para flock () em apache2.conf
:
Mutex flock:${APACHE_LOCK_DIR} default
Referência que me levou à solução: link
Documentação sobre várias opções de bloqueio (o fcgid tem um aviso contra o uso de algo que envolva threads): link