O Squid não suporta o proxy de transparanet FTP. O Squid é um proxy HTTP e suporta apenas a conexão HTTP em sua porta de escuta. O proxy HTTP tranparent SO funciona apenas para o Squid. Se você realmente precisa de um proxy FTP transparente, use Frox
Suporte ao Squid FTP proxying quando você o configura manualmente nos navegadores porque o navegador solicita o objeto FTP usando mensagens HTTP nesse caso.