Recentemente, tive um problema semelhante, mas não com o filezilla. Quando eu uso o "Filezilla" como meu cliente de FTP tudo foi bom. Mas, por alguma razão, o cliente FTP interno do phpstorm tinha o problema acima, ele poderia se conectar, mas não pode listar o diretório.
No proftpd.conf eu usei a seguinte configuração e agora o cliente ftp do phpstorm pode se conectar ao servidor ftp. No entanto, o canal de dados não precisa ser criptografado com a opção abaixo:
TLSRequired ctrl
Outra possível solução poderia estar invertendo a conexão ftp para "passiva", já que este é um problema de listagem de diretórios.