Você instalou o Virtualmin usando o script de instalação automática install.sh que fornecemos no Virtualmin.com? Ou você instalou o Virtualmin manualmente?
O comportamento que você descreve significa que seus scripts não estão sendo executados usando o suexec, mas sim como o usuário do Apache. Se você usou o script de instalação, o suexec deve ser configurado, por padrão, para todos os tipos de script. Se você instalou manualmente, você precisará configurá-lo, bem como recompilar o Apache (ou instalar o pacote apache2-suexec-custom e configurá-lo para / home, se você estiver usando Debian / Ubuntu) para configurar o docroot suexec para / home.
Temos alguma documentação sobre o manual instalado em nosso site , mas uma instalação manual ainda requer conhecimento bastante significativo e um grande investimento de tempo. Recomendamos o uso do script de instalação em um sistema operacional compatível Grade A recém-instalado, conforme documentado em nossa página de download .
Eu não sei nada sobre o gitweb, então deixarei essas perguntas sem resposta.