Existem recursos como RDC e RDC de arquivo cruzado que permitem otimizar os dados que precisam ser transferidos pela rede para replicar esses arquivos. Se você tiver arquivos quase idênticos que já fazem parte do conjunto de réplicas, isso é um comportamento esperado. Consulte o link para obter detalhes.
IMHO isso não soa como um problema fácil de resolver em serverfault. Eu costumo preferir direcionar as pessoas na direção certa quando o problema parece complexo. Você provavelmente precisará verificar se a sincronização inicial foi concluída, obter detalhes do backlog em cada direção e, em seguida, descartar os detalhes do idrecord para determinar e verificar o GVSN para ver onde eles estão sendo alterados.
Há muitas informações relacionadas ao DFSR no link e no link específico da solução de problemas do DFSR.
HTH