Sei que você está usando o RemoteApp e NÃO o citrix, mas o citrix tem um bug semelhante e uma correção no registro (novamente específico do citrix); no entanto, você pode encontrar uma correção semelhante para o RemoteApp - link
Set: Registry Key: KEY_LOCAL_MACHINE/System/CurrentControlSet/Control/Citrix/wfshell/TWI
Value Name: SeamlessFlags
Value Type: REG_DWORD
Value: 0x8000