Não consegui excluir uma partição porque ela estava em uso por um grupo de volumes (sistema). Foi-me dito que não foi possível eliminar esse grupo de volumes porque estava faltando um volume físico.
Uma vez que executei vgreduce --removemissing system
, consegui excluir o grupo de volume e, em seguida, a partição, deixando-me exatamente onde eu queria estar.
Obrigado pelas respostas sugeridas, eles me fizeram pensar no caminho certo.