Tem certeza de que o Apache 2.4 foi instalado a partir de um dos repositórios canônicos do Ubuntu? Você está usando algum PPA?
O Apache 2.2 para 2.4 foi atualizado em mim por um PPA de terceiros para o PHP 5.4. Foi alterado para o PHP 5.5 e o Apache 2.4 foi adicionado ao PPA em um ponto. Um novo Vagrant up depois que um destroy quebrou quando eu encontrei o mesmo problema que você fez e a configuração do vhost era incompatível com o Apache 2.4.
Como é a saída do "apache-cache policy apache2"? Acabei de criar uma nova instância em branco do Vagrant e executei sudo apt-get -y update && sudo apt-get -y upgrade && sudo apt-get -y dist-upgrade
. Esta é minha saída:
t# apt-cache policy apache2 apache2: Installed: (none) Candidate: 2.2.22-1ubuntu1.4 Version table: 2.2.22-1ubuntu1.4 0 500 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise-updates/main amd64 Packages 500 http://security.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security/main amd64 Packages 2.2.22-1ubuntu1 0 500 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise/main amd64 Packages
Eu suspeito que você verá que o Apache 2.4 veio de um repositório de terceiros e não de repositórios canônicos para 12.04.