Eu encontrei outra pergunta que responde exatamente o que eu preciso. Acabei de fazer alguns ajustes ao meu cenário:
Agora posso definir os parâmetros na linha de comando da seguinte forma:
msdeploy.exe -verb:sync
-source:package=machinename.zip
-dest:appHostConfig=NewSiteName,computername=webserver1
-setParam:name=SiteA-http,value=*:8080:
e apenas altere o "webserver1" e o "8080" com o que eu preciso.