tente fornecer o caminho absoluto para cada diretório.
i.e. mv /src /new/dir/
também, você pode procurar em rsync
para copiar arquivos e excluir arquivos existentes e tudo mais.
você também pode fazer algo como:
#!/bin/sh
if [ -e /new/dir/src/ ]; then
rm -rf /new/dir/src/
fi
mv /src /new/dir/
a menos que você esteja preocupado em manter os arquivos em /new/dir/src/
, caso em que rsync
seria a melhor opção.