Para os interessados, acabei de atualizar uma instalação 4.3.8 no Windows para 4.3.9 simplesmente sobrescrevendo os arquivos. Eu tive que mesclar algumas alterações do arquivo 4.3.9 .ini (algumas novas seções foram adicionadas), mas ao iniciar o IIS, as coisas pareciam funcionar. Não tenho certeza se tentaria fazer isso em uma grande alteração de versão (por exemplo, 4.3.x para 4.4.x), mas para pequenas versões de ponto isso pareceu funcionar.
Se eu tiver problemas com esse processo de atualização (não vi nenhum até agora), farei o possível para relatá-los aqui.