Já me deparei com esse problema antes, geralmente não atrapalha muito, mas eu realmente gostaria de saber por que isso acontece.
Estou executando o SBS 2008, alterei a intranet Bindings for the Sharepoint para que, em vez de criá-la por meio do server-name: 987, possa navegar na porta 80 usando o cabeçalho de host intranet.localdomain.local (para o qual um registro foi configurado no DNS).
Quando os computadores clientes navegam para intranet.localdomain.local, eles pedem que eles autentiquem o que eles fazem com suas credenciais do windows e isso não é problema. Quando eu navego para intranet.localdomain.local no servidor SBS ele não autentica com credenciais do Windows. Isso simplesmente não funciona. Se eu navegar para ele usando o nome do servidor original: 987, então funciona bem.
Alguém sabe por que isso acontece?
Isso soa como um problema de verificação de segurança do LoopBack. Você já tentou adicionar a chave Disable Loopback Check reg (se ainda não foi adicionada)?
Veja este artigo para uma ótima explicação e forneça orientação. Dito isto, esse "problema" específico é realmente reconhecido como um "recurso" de segurança, portanto tenha cuidado ao decidir desativá-lo.
Boa sorte! Espero que ajude.