Seu problema não tem (quase) nada a ver com a CPU.
A transferência de arquivos grandes geralmente é rápida, já que isso pode ser feito com E / S sequencial.
A transferência de muitos arquivos pequenos requer toneladas de potência no lado do armazenamento, já que requer E / S aleatória. Tempos de busca reduzidos, discos rígidos rápidos, muito cache e um sistema de arquivos projetado para um grande número de arquivos são obrigatórios. CPU não ajuda lá, pelo menos não muito, assim como você está observando. A CPU e o sistema operacional estão apenas aguardando a conclusão da E / S de disco.
Tudo o que mais CPU / núcleos mais rápidos podem fazer, eles podem acabar esperando por E / S mais rápido. : -)