Os computadores modernos geralmente têm uma unidade de controle térmico autorregulável. Se a unidade estiver ligando o ventilador, eu não sugeriria tentar desligá-lo. Provavelmente precisa do fluxo de ar.
Falando nisso, certifique-se de que o computador inteiro - o caso inteiro - não está sendo bloqueado. O computador precisará de espaço para "respirar". Todas as aberturas devem estar livres de qualquer desordem e poeira.
Assumindo que tudo é como deveria ser, se continuar, o servidor (ou computador) pode estar sendo taxado excessivamente. Para quê você está usando isso?
UPDATE: com base na sua revisão, acho que você deve verificar se consegue "desligar" o processador. Este é o oposto do overclocking, embora isso possa ser feito a partir do BIOS. (Eu só estou sugerindo isso, se pode ser feito no BIOS.) Se você puder diminuir a velocidade do clock do processador, talvez ele não seja tão quente.
Mas, ainda está garantindo que o computador possa receber um fluxo de ar adequado - mesmo que o ar esteja em temperatura ambiente.
Você pode até considerar adicionar alguns furos e ventiladores externos adicionais ao gabinete, se isso for possível.