visudo
adicione
nobody ALL=(ALL)NOPASSWD:/usr/bin/perl
substitua ninguém por qualquer usuário do apache.
Mas você não deveria fazer isso. Dar acesso ao perl do apache sudo essencialmente dá a qualquer um raiz instantânea à sua caixa que comprometa um aplicativo php seu.
Você deve verificar o umask para /tmp/newxml.xml
e certificar-se de que é escrito pelo seu usuário do apache.