O processo backup não é diferente, a única diferença é recuperação e somente se ocorrer um cenário de falha específico.
A ideia por trás dos logs de transações em diferentes discos físicos é que, se os discos armazenados em seus bancos de dados falharem de forma tão catastrófica, todos os dados serão inutilizados, você ainda poderá recuperar até o ponto de falha com uma combinação de backup mais recente. e os logs de transação. Isso funciona porque, antes de o Exchange fazer qualquer coisa no banco de dados, ele o grava nos logs de transação. Se os discos falharem, tornando seus bancos de dados inutilizáveis, você poderá restaurar a partir do backup e "reproduzir" os logs de transação, que conterão os dados entre o backup e a falha.
Se suas partições separadas forem realmente o mesmo conjunto de discos físicos e todas elas morrerem, você não terá o benefício da recuperação até o ponto de falha, mas sim terá a recuperação até o ponto de seu último backup. Essa é uma distinção importante e você deve fazer o que é necessário para o seu negócio.
A Microsoft recomenda que você tenha três conjuntos separados de discos físicos para o seu sistema operacional, bancos de dados do Exchange e logs de transações. Isso não quer dizer que qualquer outra combinação não seja suportada, e certamente é bom ter tudo em sua unidade C: se você estiver limitado, por exemplo, pelo número de discos físicos que cabem em seu servidor.
Com relação ao seu comentário dizendo one big system partition including everything , presumo que você esteja falando sobre fazer um backup completo do sistema de arquivos do servidor. Se fizer isso, exclua os bancos de dados e os logs de transações do Exchange do backup do seu sistema de arquivos e faça backups separados do Exchange usando o software suportado, que faz o backup do Exchange de maneira lógica e consistente. Se você acabou de fazer o backup de todo o sistema de arquivos, obterá um backup inconsistente do Exchange e as chances são quase certas de que seus bancos de dados não serão montados se você restaurou o banco de dados do Exchange e os logs de transações de um backup do sistema de arquivos.