Este é um problema com a sua versão atual do e2fsprogs incluída no mke2fs. A versão 1.41 e menor não terão erros para operações em volumes maiores que 16 TB.
Dito isto, a solução para isso é compilar o ramo atual de e2fsprogs do repositório do kernel do Linux e criar o sistema de arquivos usando esses ferramentas (até o momento desta publicação, 1.43-WIP 22-Set-2012 será instalado).
Note que estas são ferramentas de desenvolvimento e podem não ser completamente estáveis. Além disso, 'git', 'gcc' (ou outro compilador C) e 'make' precisarão ser instalados para construir as ferramentas.
[root@gauss ~] git clone git://git.kernel.org/pub/scm/fs/ext2/e2fsprogs.git
[root@gauss ~]# cd e2fsprogs
[root@gauss e2fsprogs]# mkdir build ; cd build/
[root@gauss build]# ../configure
[root@gauss build]# make
[root@gauss build]# make install
[root@gauss misc]# cd misc
[root@gauss misc]# ./mke2fs -O 64bit,has_journal,extents,huge_file,flex_bg,uninit_bg,dir_nlink,extra_isize /dev/md3
Além disso, Ronny Egners Blog tem algumas informações úteis sobre o uso da ramificação em andamento do e2fsprogs com sistemas de arquivos grandes.